運営は連携大学の教員によって構成される「担当者会議」で行い、実施主体は各大学の定める審議機関の下に設置されている教務に関する委員会（学務委員会、教務委員会、学事委員会等）とする。学部設置形態の検討、名称変更、一体的な医学歯学教育等、将来的な目標に対しては連携大学の学長・学部長等で構成する「連携大学学長・学部長会議」で協議する。本連携取組で整備するものの他の設備・教育資源および人的資源は連携大学が現有するものを用いて実施する。また、共同で授業を実施するための設備として高速ネットワークを利用したテレビ会議システムを連携大学間に構築する。授業評価は各大学で実施している学生アンケートのほかに、連携大学および実習施設で共通の授業評価アンケートを学生と担当教員に実施し、改善資料とする。

　連携大学から選ばれた教職員及び学外の有識者で構成する「口腔医学自己点検・評価委員会」を設置し、自己点検・評価を行う。また、将来的には卒業生を加えることも検討する。評価項目は大学評価・学位授与機構および大学基準協会が行っている認証評価基準項目に準じて設定し、３年後に内部中間評価を行い、各大学の次回認証評価の中で外部評価を実施する。評価結果は関係する各大学施設、部局にフィードバックし改善の資料とする。内部評価および外部評価結果は各大学のホームページなどで公表する。